TNC y sus socios de la Comisión Nacional de Areas Naturales Protegidas desarrollaron protocolos y guías sobre cómo restaurar los arrecifes y las acciones necesarias de restauración después de una tormenta. Después de una tormenta, una brigada de respuesta inmediata comenzará a limpiar y reparar el coral, evaluar el daño y diseñar un plan de restauración a corto y mediano plazo. Las actividades de restauración en la playa y el arrecife se implementarán en los primeros 30 días posterior a un hurácan.
Estas actividades de restauración abarcan la recuperación de todo el ecosistema: aumentar el éxito de la reproducción sexual de los corales (capturar larvas y cultivarlas en ambientes seguros); rescatar corales rotos, nutrirlos y replantarlos en el arrecife; y determinar zonas de recuperación pesquera para permitir la recuperación de las poblaciones.
Si la estructura y la altura del coral son gravemente dañadas, y la protección costera de las comunidades y la infraestructura se ve amenazada, se proponen soluciones híbridas: donde se necesite construir estructuras artificiales en la cresta del arrecife junto con colonias de coral. Sin tales estructuras, el arrecife puede tardar diez años en recuperar la altura y la rugosidad necesaria para proteger una costa.
